总经理 党委副书记 蔡木易
全面主管研究院各项工作。分管人力资源部、财务管理部。
党委书记 副总经理 董伟红
主持中国食品发酵工业研究院党委全面工作，分管物业管理部、综合管理部、协助管理人力资源部。
副总经理 张五九
主管研究院酿酒工程（传统发酵工程）研究以及食品工程研究工作。
副总经理 党委委员 宋全厚
主管研究院食品安全、检测分析、质量认证研究开发、标准化研究制定及信息化研究开发工作，主管国家食品质量监督检验中心。
副总经理 程 池
主管研究院工业微生物菌种平台、发酵工程研究开发以及全国食品发酵工业信息中心工作。
纪委书记 孙丹琳
主管研究院纪检监察工作及纪检监察办公室，分管研究院工会、共青团工作，协助党委书记管理党委办公室。
总经理助理 鲁军
协助蔡木易总经理管理规划与科技发展部、功能肽产业化研究发展部。
总经理助理 罗燕琴
代管国际合作与贸易发展部、北京食发科贸有限公司。