方向1：食源肽构效关系研究及产品开发
长期以来，北京市蛋白功能肽工程技术研究中心和日本东京大学、京都大学、理化研究所、大阪大学、千叶大学，美国哈佛大学、加州大学、桑福德-伯纳姆医学研究所、梅奥医学中心等国外著名学府及研究机构建立了良好的技术交流和合作关系，共同建立食源肽国际合作研究平台。合作双方就蛋白功能肽的分离纯化、结构鉴定、功能性评价、作用机制等方面展开合作，特别是对食源肽解酒保肝作用机理、食源肽在防治老年痴呆症及机体衰老中的应用等课题进行深入合作研究。
2012年以来，工程中心将研制的食源肽原料应用于国外知名保健食品企业开发出系列营养健康终端产品，其中包括基于小麦肽、胶原肽，与日本食品肽研究所株式会社共同建立超短肽老年氮源营养补充产品等终端食品生产技术；基于玉米肽和胶原肽，与日本SARAYA生化研究所共同建立运动啫喱、术后营养支持产品等终端食品生产技术；基于玉米肽、小麦肽和胶原肽，与美国A&Z Pharmaceutical Inc建立谷氨酰胺强化增肌肽粉、抗宿醉能量咖啡、纯肽纤体代餐等终端食品生产技术。产品在美国和日本市场销售，创造出重大的社会和经济效益。
方向2：天然果蔬酵素产品发酵调控技术研究及产物鉴定
2017年功能肽产业化研发部与美国罗格斯新泽西州立大学签订了合作研究协议，旨在建立橙皮、橙肉酵素发酵产物鉴定及调控技术，构建相关基础研究合作平台，共同推进酵素产业的稳速发展。罗格斯大学团队致力于食品纳米技术和生物多聚物等方面的研究工作, 特别是在以利用纳米微粒为载体对食品中功能性活性物质进行转运方面取得了杰出成就，结合发酵院在菌种筛选、发酵技术产业化应用等方面的经验优势，合作双方就橙皮酵素和橙肉酵素的发酵菌种筛选、鉴定，发酵工艺研究，发酵产物分析，发酵代谢调控，以及相关特征性功能成分的定性定量分析等方面开展合作，旨在解决天然果蔬酵素产品基础研究中的关键性问题。通过双方密切合作现已完成菌种筛选，结构产物鉴定，体外功能评价等方面的研究，共同攻克多甲氧基黄酮发酵过程中的结构转化难题，未来双方将共同致力于利用发酵控制手段促进活性物质在人体内吸收，探究其转化途径等工作，达到橙皮橙肉酵素产品可在代谢综合症类等疾病方面起到预防作用的目的。